苏瑶是中国热带植物研究所最年轻的副研究员,长期从事濒危植物的野外调查工作。在一次机构资助的科考项目中,她接到任务前往云南西南深处一片几乎无人踏足的原始热带雨林,寻找传说中只在海拔八百米以下、特定微气候环境中开放的蓝心花——这种植物被认为每六十年才开花一次,对新型抗肿瘤药物的研发具有极高价值。带着一只卫星通讯设备和三周的补给,苏瑶只身进入了密林。
然而科考的第三天夜里,一场突如其来的暴雨引发了山洪,苏瑶的营地被完全冲毁,通讯设备也随之报废。就在她陷入绝境之时,神秘男子林烨出现了。林烨是一名拥有丰富野外经验的生存专家,常年在这片丛林里独居,以协助国家自然保护区处理非法捕猎事件为生。他冷静、话少,对这片山林了如指掌,却对自己的过去从不主动提及。两人因为共同的处境不得不结伴而行,彼此之间既有摩擦,又有依赖,在日复一日的丛林生存中,微妙的情感悄然滋长。
随着苏瑶离目标地点越来越近,她开始发现一些异常迹象:林中出现了疑似人为设置的标记,部分稀有植物被大量采挖,甚至有人在蓝心花可能生长的核心区域附近活动。与此同时,苏瑶的导师——研究所负责人周彦——派遣了一支队伍进入丛林,名义上是来接应她,实则怀有不可告人的商业目的,意图抢先获取蓝心花并转手国际非法药材商。林烨早就察觉了这支队伍的存在,他的沉默并非无动于衷,而是因为他曾经亲历过一次类似的掠夺,并为之付出过沉重的代价。
剧情中段,苏瑶与林烨之间的信任危机爆发。苏瑶的前男友、国际自然保护组织成员方逸突然现身丛林,以官方身份试图介入。方逸既对苏瑶旧情未断,又与周彦暗中有所勾连,他的出现让局势骤然复杂。苏瑶在感情上的困惑与科研使命之间被撕裂,而林烨选择在关键时刻以行动而非言语,一次次在险境中守护她。两人的感情在丛林的考验中愈发坚定,也愈发难以言说。
大结局前,周彦的队伍与非法采购方正面会合,苏瑶和林烨联手当地向导阿黛,以及最终转投正义阵营的方逸,共同揭露并阻止了这一次大规模的植物走私行动。蓝心花的生长地点得到了完整的保护性记录,同时被纳入了新的国家保护区范围。而林烨也终于向苏瑶袒露了自己藏在心底多年的秘密——他曾是这片丛林里一个悲剧的幸存者,失去了最在乎的人,才选择在此独自守望。两人在离开丛林的前夜,于蓝心花盛放之处彼此坦诚,爱意落定,像这片丛林里最深处的绿意,安静而有力。